Total Commander

Вообще-то есть специальные утилиты (потоковые редакторы), поддерживающие регэкспы, с форками под windows.
http://gazette.linux.ru.net/rus/article ... 15696.html

http://ru.wikipedia.org/wiki/Sed
http://ru.wikipedia.org/wiki/Awk

http://www.autohotkey.com/

Autohotkey бесплатен, с открытым кодом, умеет тоже самое и еще множество дополнительных фич вроде вызовов WinAPI.

Вставлю лыко в строку.
Любой ХЭШ есть сжатие с потерями.
Представляется наиболее разумным следуюющий подход:
Выбираем некую константу, для размера блока, меньшую сегмента памяти.
Скажем, 4 килобайта.
Все файлы, требующие сравнения, длина которых меньше этого блока,
просто сравниваются друг с другом ...