Total Commander

Такая же ситуация и у меня.
Нашел тему именно по описанию от автора.
Понятно описано.
В активной панели правой кнопкой выделяешь пару (любую) папок и жмешь на бинокль.
В нем стоят галки "искать только в выделенных каталогах" и "искать также в архивах". Идешь на вкладку дополнительно и ставишь ...