Total Commander

Весьма странно, чтобы тотал создавал какую-то папку, тем более с таким системным именем. По дефолту тотал хранит настройки в профиле пользователя, в зависимости от настроек в реестре (выбранных при установке) может хранить в папке Windows.

Стоит попробовать запустить тотал с явно заданным пустым ...

На сетевом диске X: каждый раз при запуске TC-ра создается путь "Windows\system".
попытаюсь объяснить...
Развернут домен. при создании доменной учетной записи пользователя в качестве домашней папки указывается X:\\каталог\подкаталог. при запуске командной строки текущим каталогом указывается "X ...