Flasher писал(а):Так и что с ними делать-то?
Блин, я ж не зря написал откуда они все взялись

Изначально была папка (с/без подпапками и файлами), она скопировалась после первой синхронизации в облако.
Потом я обновлял программы, файлы и т.д. и после второй синхронизации, соответствующая программа по какой-то причине не начала заменять старые версии новой, а в зависимости от ситуации возвращать на диск старые версии, а новым добавлять конфликтные имена.
Это я к тому, что такой ситуации:
Flasher писал(а): И что делать со скобками в непроблемной папке при наличии/отсутствии аналога? Оставлять как есть или тоже переименовывать?
не может быть.
Всегда нужно переименовывать проблемные имена и всегда заменять, если есть старая версия (то бишь без проблемного имени).
Исходя из всего этого:
Flasher писал(а): Переименовывать с заменой внутри родителя или сразу переносить как есть с заменой в получателе?
будет правильным вариант - переименовывать внутри и перемещать с заменой