День добрый у меня следующаяя проблема:
При смене панели по CTRL+D (например правой) левая панель меняется. Иногда на корень текущего(для левой панели) диска. Иногда на произвольный каталог.
Могу ошибаться но подобное появилось с версии 6.4 Public Beta
b01d
При добавлении избранных каталогов можно включать опцию "Сохранить также каталог назначения" - в этом случае будут сохранены каталоги на обеих панелях. Видимо, у тебя произошло именно это. Зайди в диалог настроек избранных каталогов и у нужных пунктов сотри путь в поле "Целевой каталог".