Total Commander

Есть файлы, которые могут быть различны и по содержанию и по дате, которые не нужно синхронизировать.

Можно каким-то образом задать список таких файлов, чтобы при команде синхронизации каталогов они этой командой игнорировались и не брались в расчёт?

Как вариант, временный (или постоянный) список исключений.

Rusl8
В справке написано про маску с исключениями.

Rusl8
В случае варианта без подкаталогов, перед вызовом команды синхронизации каталогов достаточно выделить (хотя бы в одной панели) все файлы, кроме не берущихся в расчёт.