Total Commander

Подскажите пожалуйста, есть ли возможность автоматизировать следующий процесс: часто копирую одни и те же папки с разных дисков на флешку - выделяю нужные папки, нажимаю F5 копировать потом F2 и выбираю пропустить всё и пропустить недоступные для чтения, потом выбираю другой диск и выбираю там нужные папки и файлы, снова F5 и так далее, можно ли как то автоматизировать этот процесс?

Для папок дерево по Ctrl+F8 (при OldStyleTree=0) в помощь.
Для папок и файлов - см. VirtualPanel. Можно прямо туда и обратиться. Возможно, даже скрипт предложат.

Что же касается автосинхронизации заведомо заданных объектов с конкретной флешкой, то к автоматизации в ТС (и данному подфоруму, соотв.) данная операция прямого отношения не имеет.