Оверлейные значки тут ни при чём. Это проблемы файловых ассоциаций. Файлы -> Открыть с помощью, настрой там нужный значок, нажать OK (даже если этот значок был уже выбран). Это заставить Тотал обновить кэш значков.
Если это не поможет, значит используется какой-то хитрый, слабо документированный механизм, и надо копаться непосредственно в реестре...